Ban đầu, kế hoạch Ấp chiến lược thực hiện khá hiệu quả, hoạt động của du kích quân Giải phóng bị ngưng trệ. Tuy nhiên về sau thì phản tác dụng rồi thất bại. Trong khi thi hành thì nhiều viên chức tham nhũng ngân sách Ấp chiến lược rồi bắt dân phải gánh chịu khoản này như phải nộp tiền, công sức và tre để làm hàng rào cho ấp. Trong trường hợp ở Vị Thanh thì 20.000 dân công được huy động để xây một ấp cho 6.500 người nên người bỏ ra công sức không hẳn là người được hưởng lợi. Trong khi đó việc đồng áng bị trễ nải vì dân phải xung công xây ấp.[5] Cũng có trường hợp dân địa phương bị cưỡng bách dời vào ấp.[2]

Theo đánh giá của Kevin Gray (Đại học Sussex), chương trình này không có gì khác hơn một thảm họa. Ví dụ: tháng 3 năm 1962, trong chương trình tại Bình Dương, chỉ có 70 hộ gia đình tự nguyện di chuyển tới Ấp chiến lược, trong khi 140 hộ dân bị cưỡng bức tái định cư bằng súng đạn. Chương trình gây ra sự oán giận cực điểm với các nông dân: họ buộc phải rời bỏ đất đai của tổ tiên, đưa vào các đội lao động, không thể tiếp cận với đồng ruộng của họ, và những ngôi nhà cũ của họ bị quân lính của Ngô Đình Diệm đốt cháy. Hơn nữa, chương trình này không ngăn được những cán bộ cách mạng của Mặt trận dân tộc Giải phóng miền Nam thâm nhập vào các ấp, thường là với sự hợp tác của cư dân trong ấp[7].

Theo Roger Hilsman, giám đốc sở tình báo và nghiên cứu Bộ Ngoại giao từ đầu 1961, chương trình ấp chiến lược đã bị Ngô Đình Nhu thực hiện hoàn toàn sai lầm: Không khởi đầu từ khu vực an ninh trước, mà từ những vùng thiếu an ninh nhất ở gần biên giới Campuchia. Ngô Đình Nhu đã dùng việc thành lập ấp để sàng lọc dân, gây bất mãn trong dân chúng. Từ chỗ bất mãn, rất dễ làm nội ứng cho du kích quân Giải phóng. Và vì nằm tại những vùng thiếu an ninh, chẳng bao lâu sau khi thành lập, ấp thường bị phá, gây tổn thất về tài sản và công sức.

Trong cuốn sách Vietnam: a History (1983), nhà sử học Stanley Karnow mô tả quan sát thực tế của ông về tình hình các ấp chiến lược ở Long An[8]:

Ở đó tôi thấy chương trình ấp chiến lược bắt đầu trong thời kỳ Diệm đang trong cơn hỗn loạn. Tại một địa điểm gọi là Hòa Phú, một ấp chiến lược được xây dựng trong mùa hè năm ngoái nay trông giống như bị trúng bão. Hàng rào kẽm gai bao xung quanh đã bị phá vỡ, tháp canh bị phá hủy và chỉ một vài người dân còn ở lại... Một lính gác địa phương giải thích với tôi rằng một số du kích Việt Cộng đã tới trong một đêm, họ vận động các nông dân hợp sức phá bỏ nó và trở về làng quê của họ. Nông dân đã ủng hộ họ...Ngay từ đầu, ở Hòa Phú và các nơi khác, nông dân căm ghét các ấp chiến lược, nhiều người bị buộc phải dọn tới đó bởi các quan chức tham nhũng, những người đã bỏ túi phần lớn số tiền được phân bổ cho các dự án. Nếu chiến tranh là một trận chiến để giành được sự ủng hộ của trái tim và trí óc người dân, thì Hoa Kỳ và các đối tác ở miền Nam Việt Nam chắc chắn đã đánh mất Long An.'Cảm giác lướt qua của tôi, sau đó đã được xác nhận trong một cuộc khảo sát rộng rãi hơn được thực hiện bởi Earl Young, đại diện cấp cao của Mỹ trong tỉnh. Ông đã báo cáo vào đầu tháng 12 rằng đã có 200 ấp chiến lược ở Long An đã bị phá hủy kể từ mùa hè, bởi Việt Cộng hoặc bởi những người dân địa phương, hoặc bởi sự kết hợp của cả hai.

Riêng trong năm 1963, quân Giải phóng và người dân miền Nam đã phá hoàn toàn 2.895 Ấp chiến lược trong số 6.164 ấp được lập, số còn lại đã bị phá đi phá lại 5.950 lần ấp. Quân Giải phóng giành quyền làm chủ ở 12.000 thôn trong tổng số 17.000 thôn toàn miền Nam, gồm hơn 5 triệu dân trong tổng số 14 triệu dân toàn miền Nam. Hơn 1,5 triệu ha trên tổng số 3,5 triệu ha ruộng đất đã về tay nông dân; hơn 23.000 thanh niên miền Nam đã gia nhập quân Giải phóng. Hàng nghìn ấp chiến lược đã biến thành làng chiến đấu, hệ thống Ấp chiến lược bị sụp đổ đến 4/5.[3]

Theo thú nhận của chính phủ Sài Gòn, trong vòng ba tháng sau đảo chính lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm, quân Giải phóng phát động nhân dân nổi dậy phá ấp chiến lược ở khắp nơi. Tỉnh Kiến Hoà phải rút đi 51 đồn bót, mất 15 xã. Ở miền Trung từ Phan Thiết trở ra trong vòng hai tháng sau đảo chính, 2.200 ấp chiến lược trong tổng số 2.700 ấp chiến lược hoàn toàn bị phá tan tác[9]

Tổng số 4.248 ấp chiến lược ở miền Nam thì có 3.915 ấp bị phá hẳn. Trong phúc trình gửi Tổng thống Johnson ngày 16-3-1964, Bộ trưởng quốc phòng Mỹ McNamara đưa ra một bức tranh tổng quan: “Trong số đất đai của 22 tỉnh (trong 44 tỉnh), Việt Cộng kiểm soát tới 50% hoặc nhiều hơn thế. Phước Tuy, Việt Cộng kiểm soát 80%; Bình Dương 90%; Hậu Nghĩa 90%; Long An 90%; Định Tường 90%; Kiến Hoà 90%; An Xuyên (Cà Mau) 85%. Quận Mõ Cày và các xã Định Thuỷ, Bình Khánh, Phước Hiệp, “đỏ 100%”; trên 900 xã như trong trường hợp ba xã này...”[9].

Nhiều năm sau chiến tranh, Roger Hilsman tuyên bố rằng khái niệm ấp chiến lược đã được thực hiện bởi chế độ Ngô Đình Diệm một cách tồi tệ đến mức có thể coi nó là "vô dụng"[10]